La historia de la cría y los orígenes del perro de agua español (perro de agua español) son muy debatidos, al igual que la mayoría de las razas de perros domésticos. Algunas teorías se presentan aquí. Cualquiera que sea la teoría que quieras creer, generalmente se cree que el linaje del Perro de Agua Español está estrechamente ligado a la historia de la Oveja Merina Española.
Ludwig Rutimeyer (1825-1895), biólogo suizo, menciona un carnívoro 'el Canis Familiaris Palustris' asociado con los habitantes de las costas del Mar del Norte. Este perro 'salvaje' se convirtió en el 'Canis Palustris', que fue el origen del grupo local de perros de agua que se extendió: este fue el antepasado de varias razas. Estos ahora se conocen como perro de agua español, barbudo francés, perro de agua portugués y perro de agua irlandés.
Doebel, un cinólogo alemán asume el origen asiático de los perros de agua. Según su teoría, los perros habrían llegado con los bárbaros (vándalos, alani, etc.) y son los precursores de los perros de agua. Se dice que los grupos conocidos como Puli y Komodor descendieron de esto.
Buffon fue un biólogo francés (1707-1788) que asumió que el perro de agua español es de origen africano. Habla de un perro de agua clásico que usaban las tribus del norte de África para cazar en el agua. Se describe como un perro rizado, de tamaño mediano y apariencia robusta. En 711, año de la invasión de los musulmanes, llegó a España. Estos perros fueron utilizados como perros de pastoreo por los bereberes. El hecho de que hoy en día no exista tal perro en el norte de África podría significar -una teoría con amplio apoyo- que el Perro de Agua Español es un perro originario y criado en Andalucía. Así lo confirma Salas. Su teoría es que el perro de agua español es una raza que se originó en los pantanos del sur de Andalucía y que los perros fueron esparcidos por toda España por los pastores. Las ovejas fueron importadas a España por los fenicios. Mucho antes de la era cristiana fundaron colonias en España. Cuando las tribus moras y bereberes del norte de África cruzaron el Estrecho de Gibraltar en el año 711 y conquistaron la España cristiana, encontraron allí millones de ovejas. Algunos autores han encontrado documentos relacionados con el Perro de Agua Español del año 730 d. C. (que menciona 'Perro de Lana') y un documento del año 1000 d. C. que describe un grupo de Perros de Agua en la Península Ibérica.
En 1975, dos pioneros, Antonio García Pérez y Santiago de Montesinos, comenzaron a inventariar el Perro de Agua Español entre pastores, cabreros y cazadores de montaña de las regiones de Málaga y Cádiz y entre pescadores de Andalucía. Luego comenzaron a seleccionar los perros con las 'características del Perro de Agua Español' más llamativas en su opinión para iniciar un programa de cría.
El Club Perro de Agua Español (España) se estableció en 1980 en colaboración con el Comité de Raza Español para promover la raza y ayudarla a ganar reconocimiento en su propio país. Desde 1980 hasta mayo de 1985, en exposiciones caninas en España, los perros de agua españoles fueron 'introducidos' a la cinología.
En 1985, se permitió la entrada de un Perro de Agua Español en la Exposición Canina Internacional de Madrid. Posteriormente, 40 Perros de Agua Españoles de la región de Málaga y Cádiz y 5 de Santander fueron cedidos por los propietarios para participar en exposiciones en España. Esto finalmente resultó en el reconocimiento de la FCI del Perro de Agua Español en el grupo 8, sección 3 con el número 336 (S. Alonso, 2001).
Independientemente de su origen, el perro de agua español se utilizó para una variedad de tareas y funcionó donde se necesitaba un perro. Fueron utilizados como perros pastores para mover los rebaños de ovejas o cabras de un pasto a otro. Ayudaron a los pescadores en sus botes y pudieron recuperar del agua material y peces extraviados que se habían escapado de las redes. También llevaron la cuerda de remolque a tierra para tirar del bote a tierra y vigilaron la captura una vez que desembarcaron. Estos perros también se pueden llevar a cazar y usarse como perros perdigueros, especialmente en el agua. La raza es mejor conocida por su capacidad para sumergirse bajo el agua y luego permanecer bajo el agua durante un tiempo, sumergiéndose a una profundidad de hasta seis metros.